fragbuilder.G09_opt = class G09_opt(G09_base)
    Class to setup a Gaussian 09 optimization from a
a peptide.
 
Requires a peptide objec. A simple use case could be:
 
from fragbuilder import Peptide, G09_opt
pep = fragbuilder.Peptide("GGGG")
opt = G09_opt(pep)
opt.write_com()
 
  Methods defined here:
__init__(self, pep)
Class to generate input file for a Gaussian optimization.
 
Arguments:
peptide -- A an object of fragbuilder.Peptide type.
write_com(self, filename, constraint_dihedrals=False)
Writes a Gaussian 09 optimization optimization .com file.
 
Arguments:
filename -- Name of the file  to be written.
 
Keyword arguments:
constraint_dihedrals -- Whether to constraint dihedral angles
during geometry optimization. (Default False)
 
 
NOTES: The default header is:
 
%mem=1gb
%nprocs=1
#t opt pm6
 
WARNING: Will overwrite an existing file with the same name.

Methods inherited from G09_base:
set_comment(self, comment)
Set the comment section of the input Gaussian 09 .com file.
set_header(self, header)
Set the header of the put Gaussian 09 .com file.
 
E.g:
com.set_header("%mem=2gb\n# opt B3LYP/6-31G(d)")
 
WARNING: Using this option overrides all other header options!
set_memory(self, amount)
Set amount of memory of the input Gaussian 09 .com file.
 
E.g:
com.set_memory("2gb")
set_method(self, command)
Set the method and basis set in the input Gaussian 09 .com 
file using standard Gaussian 09 notation.
 
E.g.: 
com.set_method("B3LYP/6-31G(d)")
set_nprocs(self, nprocs)
Set the nprocs keyword of the input Gaussian 09 .com file.
 
E.g:
com.set_nprocs(8)
set_solvent(self, solvent_type)
Set the header of the input Gaussian 09 .com file.
 
E.g:
com.set_solvent("water")
 
This inserts the keyword "scrf=(solvent=water)".